Die frühere Auffassung der Finanzverwaltung über die Zerlegung des Gewerbesteuermessbetrages bei Windkraftbetreibergesellschaften, nach der eine hälftige Aufteilung der Gewerbesteuer zwischen Standortgemeinde und Geschäftsleitungssitz erfolgen soll, wurde mit dem BFH-Urteil vom 04.04.2007 für nicht rechtmäßig erklärt. Danach habe auch in diesen Fällen eine Aufteilung nach Arbeitslöhnen zu erfolgen, auch wenn in der Standortgemeinde gar keine Löhne gezahlt werden.

Durch das Jahressteuergesetz 2009 wurde daraufhin der allgemeine Zerlegungsmaßstab geändert. Ab 01.01.2009 gilt bei Windkraftbetreibern als Zerlegungsmaßstab

• zu drei Zehnteln das Verhältnis, in dem die Summe der Arbeitslöhne, die an die bei allen Betriebsstätten beschäftigen Arbeitnehmer gezahlt worden sind, zu den Arbeitslöhnen steht, die an bei den Betriebsstätten der einzelnen Gemeinden beschäftigten Arbeitnehmer gezahlt worden sind, und
• zu sieben Zehnteln das Verhältnis, in dem die Summe der steuerlich maßgebenden Ansätze des Sachanlagevermögens mit Ausnahme der Betriebs- und Geschäftsausstattung, der geleisteten Anzahlungen und der Anlagen im Bau in allen Betriebsstätten zu dem Ansatz in den einzelnen Betriebsstätten steht.

Dieser besondere Zerlegungsmaßstab – 30 % nach dem Verhältnis der Arbeitslöhne und 70 % nach dem Verhältnis der Sachanlagen – gilt nach dem Gesetz nur für Betreiber von Windkraftanlagen. Für andere Anlagen im Sinne des § 3 Nr. 3 EEG, insbesondere Photovoltaik-Anlagen, fehlt es bisher an einer gleich lautenden gesetzlichen Regelung. In solchen Fällen muss die Kommune, in der ein Solarpark installiert werden soll, eine vertragliche Vereinbarung nach § 33 Abs. 2 GewStG anstreben, um einen finanziellen Ausgleich für die bereit gestellte Infrastruktur am Betriebsstandort zu erzielen.

Mit Urteil vom 16.12.2009 hat der Bundesfinanzhof seine restriktive Rechtsprechung zur Gewerbesteuerzerlegung fortgesetzt. Danach stellen Einrichtungen zur Messung von Lärmemissionen zwar eine Betriebsstätte eines Verkehrsflughafens dar. Es liege aber wegen eines fehlenden räumlichen Zusammenhangs keine mehrgemeindliche Betriebsstätte vor, wenn eine Verbindung mit den Lärmmessstationen (Datenübertragung) nur über allgemeine Kommunikationsleitungen bestehe.